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Extraction des Affections Longue Durée (ALD)

Source : R/extract_long_term_disease.R
extract_long_term_disease.Rd

Cette fonction permet d'extraire des ALD actives au moins un jour sur une période donnée. Les ALD dont l'intersection IMB_ALD_DTD, IMB_ALD_DTF avec la période start_date, end_date n'est pas vide sont extraites. Si des codes ICD 10 ou des numéros d'ALD sont fournis, seules les ALD associées à ces codes ICD 10 ou numéros d'ALD sont extraites. Dans le cas contraire, toutes les ALD sont extraites. Si des identifiants de patients sont fournis, seules les ALD associées à ces patients sont extraites. Dans le cas contraire, les ALD de tous les patients sont extraites.

Utilisation

extract_long_term_disease(
  start_date = NULL,
  end_date = NULL,
  icd_cod_starts_with = NULL,
  ald_numbers = NULL,
  excl_etm_nat = c("11", "12", "13"),
  patients_ids = NULL,
  output_table_name = NULL,
  conn = NULL
)

Arguments

start_date

Date La date de début de la période sur laquelle extraire les ALD actives.

end_date

Date La date de fin de la période sur laquelle extraire les ALD actives.

icd_cod_starts_with

character vector Un vecteur de codes ICD 10. Si icd_cod_starts_with ou ald_numbers sont fournis, seules les ALD associées à ces codes ICD 10 ou numéros d'ALD sont extraites. Sinon, toutes les ALD actives sur la période start_date, end_date sont extraites.

ald_numbers

numeric vector Un vecteur de numéros d'ALD. Si icd_cod_starts_with ou ald_numbers sont fournis, seules les ALD associées à ces codes ICD 10 ou numéros d'ALD sont extraites. Sinon, toutes les ALD actives sur la période start_date, end_date sont extraites.

excl_etm_nat

character vector Un vecteur de codes IMB_ETM_NAT à exclure. Par défaut, les ALD de nature 11, 12 et 13 sont exclues car elles correspondent à des exonérations pour accidents du travail ou maladies professionnelles. Voir la fiche suivante de la documentation : https://documentation-snds.health-data-hub.fr/snds/fiches/beneficiaires_ald.html et notamment le Programme #1 pour la référence de ce filtre.

patients_ids

data.frame Optionnel. Un data.frame contenant les paires d'identifiants des patients pour lesquels les délivrances de médicaments doivent être extraites. Les colonnes de ce data.frame doivent être "ben_idt_ano" et "ben_nir_psa" (en minuscules). Les "ben_nir_psa" doivent être tous les "ben_nir_psa" associés aux "ben_idt_ano" fournis.

output_table_name

Character Optionnel. Si fourni, les résultats seront sauvegardés dans une table portant ce nom dans la base de données au lieu d'être retournés sous forme de data frame.

conn

DBI connection Une connexion à la base de données Oracle. Si non fournie, une connexion est établie par défaut.

Valeur de retour

Si output_table_name est NULL, retourne un data.frame contenant les les ALDs actives sur la période. Si output_table_name est fourni, sauvegarde les résultats dans la table spécifiée dans Oracle et retourne NULL de manière invisible. Dans les deux cas les colonnes de la table de sortie sont :

  • BEN_NIR_PSA : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids) ne sont pas fournis. Identifiant SNDS, ausi appelé pseudo-NIR.

  • BEN_IDT_ANO : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids) sont fournis. Numéro d’inscription au répertoire (NIR) anonymisé.

  • IMB_ALD_NUM : Le numéro de l'ALD

  • IMB_ALD_DTD : La date de début de l'ALD

  • IMB_ALD_DTF : La date de fin de l'ALD

  • IMB_ETM_NAT : La nature de l'ALD

  • MED_MTF_COD : Le code ICD 10 de la pathologie associée à l'ALD

Exemples

if (FALSE) { # \dontrun{
start_date <- as.Date("2010-01-01")
end_date <- as.Date("2010-01-03")
starts_with_codes <- c("N04A")

dispenses <- extract_drug_dispenses(
  start_date = start_date,
  end_date = end_date,
  starts_with_codes = starts_with_codes
)
} # }