Extraction des délivrances de médicaments. — extract_drug

Cette fonction permet d'extraire les délivrances de médicaments. Les délivrances dont les dates EXE_SOI_DTD sont comprises entre start_date et end_date (incluses) sont extraites. Le décalage de remontée des données est pris en compte en récupérant également les délivrances dont les dates FLX_DIS_DTD sont comprises dans les dis_dtd_lag_months mois suivant end_date. Si atc_cod_starts_with est fourni, seules les délivrances de médicaments dont le code ATC commence par l'un des éléments de atc_cod_starts_with sont extraites. Dans le cas contraire, les délivrances pour tous les codes ATC sont extraites. Si patients_ids est fourni, seules les délivrances de médicaments pour les patients dont les identifiants sont dans patients_ids sont extraites. Dans le cas contraire, les délivrances de tous les patients sont extraites.

Utilisation

extract_drug_dispenses(
  start_date = NULL,
  end_date = NULL,
  atc_cod_starts_with = NULL,
  dis_dtd_lag_months = 6,
  patients_ids = NULL,
  output_table_name = NULL,
  overwrite = FALSE,
  conn = NULL
)

Arguments

start_date: Date. La date de début de l a période des délivrances des médicaments à extraire.
end_date: Date La date de fin de la période des délivrances des médicaments à extraire.
atc_cod_starts_with: Character vector Optionnel. Les codes ATC par lesquels les délivrances de médicaments à extraire doivent commencer.
dis_dtd_lag_months: Integer. Le nombre maximum de mois de décalage de FLX_DIS_DTD par rapport à EXE_SOI DTD pris en compte pour récupérer les délivrances de médicaments. Par défaut, 6 mois.
patients_ids: data.frame Optionnel. Un data.frame contenant les paires d'identifiants des patients pour lesquels les délivrances de médicaments doivent être extraites. Les colonnes de ce data.frame doivent être "BEN_IDT_ANO" et "BEN_NIR_PSA". Les "BEN_NIR_PSA" doivent être tous les "BEN_NIR_PSA" associés aux "BEN_IDT_ANO" fournis.
output_table_name: Character Optionnel. Si fourni, les résultats seront sauvegardés dans une table portant ce nom dans la base de données au lieu d'être retournés sous forme de data frame.
overwrite: Logical. Indique si la table output_table_name doit être écrasée dans le cas où elle existe déjà.
conn: DBI connection Une connexion à la base de données Oracle. Si non fournie, une connexion est établie par défaut.

Valeur de retour

Si output_table_name est NULL, retourne un data.frame contenant les délivrances de médicaments. Si output_table_name est fourni, sauvegarde les résultats dans la table spécifiée dans Oracle et retourne NULL de manière invisible. Dans les deux cas les colonnes de la table de sortie sont :

BEN_NIR_PSA : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids) ne sont pas fournis. Identifiant SNDS, ausi appelé pseudo-NIR.
BEN_IDT_ANO : Colonne présente uniquement si les identifiants patients (patients_ids) sont fournis. Numéro d’inscription au répertoire (NIR) anonymisé.
EXE_SOI_DTD : Date de la délivrance
PHA_ACT_QSN : Quantité délivrée
PHA_ATC_CLA : Code ATC du médicament délivré
PHA_PRS_C13 : Code CIP du médicament délivré (nom dans la table ER_PHA_F : PHA_PRS_C13, nom dans la table IR_PHA_R : PHA_CIP_C13)
PSP_SPE_COD : Code de spécialité du professionnel de soin prescripteur (voir nomenclature IR_SPE_V)

Détails

Pour être à flux constant sur l'ensemble des années, il faut utiliser dis_dtd_lag_months = 27. Cela rallonge le temps d'extraction alors que l'impact sur l'extraction est minime car la Cnam extime que 99 % des soins sont remontés à 6 mois c'est-à-dire pour dis_dtd_lag_months = 6). Voir https://documentation-snds.health-data-hub.fr/snds/formation_snds/initiation/schema_relationnel_snds.html#_3-3-dcir

Exemples

if (FALSE) { # \dontrun{
start_date <- as.Date("2010-01-01")
end_date <- as.Date("2010-01-03")
atc_cod_starts_with <- c("N04A")

dispenses <- extract_drug_dispenses(
  start_date = start_date,
  end_date = end_date,
  atc_cod_starts_with = atc_cod_starts_with
)
} # }